O secretário foi preso pela Polícia Federal na casa dele, no bairro dos Jardins, na Zona Oeste de São Paulo, por suspeita de fraudes em contratos da área de saúde nos períodos em que foi deputado federal e ministro.
Baldy é um dos alvos da Operação Dardanários, que apura desvios na Saúde no Rio de Janeiro e em São Paulo, envolvendo órgãos federais. Em nota, o governo do estado afirmou que a licença dele da pasta de Transportes será por trinta dias, para que ele possa se defender das acusações da Lava Jato.
